وولدت فكرة استضافة متحف للآثار داخل مجمع مكتبة الإسكندرية الثقافي حين تم اكتشاف عدد من القطع الأثرية الرائعة التي تعود للعصر الهيلينستي والروماني والبيزنطي، وذلك ضمن أعمال الحفر التي تمت قبل إقامة المكتبة في موقعها هذا.
وتم افتتاح المتحف رسميًّا في 16 أكتوبر 20002، واختيرت مقتنياته بعناية لتعكس تاريخ مصر الثري والمتعدد الثقافات والممتد عبر الثقافات الفرعونية واليونانية والرومانية، والقبطية والإسلامية، مع التركيز على الإسكندرية والمرحلة الهيلينستية، ويحتوي المتحف على 1133قطعة معروضة.
وتعتبر مكتبة الإسكندرية، مجمع ثقافي يضم ، المكتبة الرئيسية (القادرة على استيعاب ملايين الكتب) والمكتبات التابعة لها، وهي: المكتبة الفرنكوفونية ومكتبة الإيداع ومكتبة الخرائط.
كما تضم المكتبة 6 مكتبات متخصصة وهى ، مكتبة الفنون والوسائط المتعددة والمواد السمعية والبصرية ، مكتبة طه حسين للمكفوفين وضعاف البصر، مكتبة الطفل ، مكتبة النشء، قسم التبادل والأرشيف ، مكتبة الكتب النادرة والمجموعات الخاصة، نسخة محاكية لأرشيف الإنترنت.
وتضم المكتبة أيضا 4 متاحف وهى ،متحف الآثار،متحف المخطوطات ،متحف السادات ، متحف تاريخ العلوم ، القبة سماوية، قاعة استكشاف لتعريف الأطفال بالعلوم.
قاعة البانوراما الحضارية ، وهي عرض تفاعلي قام بإعداده مركز توثيق التراث الحضاري والطبيعي، ويقدم من خلال تسع شاشات رقمية هي الأولى من نوعها في العالم. حصلت “البانوراما الحضارية” على براءة الاختراع، كما نالت العديد من الجوائز. وهي تتيح عرض طبقات متعددة من البيانات؛ حيث يقوم مقدم العرض بالنقر على عنصر معين للذهاب إلى مستوى جديد من التفصيل. إنه عرض جذاب ومفيد؛ حيث يستعرض التراث المصري منذ 5000 عام حتى يومنا هذا، بالاعتماد على الوسائط المتعددة. كما يلقي الضوء على التراث المصري القديم والتراث القبطي والإسلامي ويعرض نماذج لكلٍّ منها.
وتضم المكتبة 12 مركزًا للبحث الأكاديمي ،مركز دراسات الإسكندرية وحضارة البحر المتوسط،مركز دراسات الخطوط،مركز الدراسات والبرامج الخاصة،المعهد الدولي للدراسات المعلوماتية،مركز المخطوطات، مركز توثيق التراث الحضاري والطبيعي ومقره القاهرة،مركز الإسكندرية للدراسات الهلينستية،برنامج دراسات التنمية المستدامة وبناء قدرات الشباب ودعم العلاقات الإفريقية،مركز دراسات الحضارة الإسلامية،مركز الدراسات القبطية،مركز الدراسات الاستراتيجية،برنامج دراسات المرأة والتحول الاجتماعي،مركز الفنون
كما تضم المكتبة 17 معرضًا دائمًا،وهى الإسكندرية عبر العصور: مجموعة محمد عوض ، عالم شادي عبد السلام ،الخط العربي: مجموعة محمد إبراهيم ،الآلات الفلكية والعلمية عند العرب في القرون الوسطى (فرسان السماء)، تاريخ الطباعة: مطبعة بولاق ،متحف الفنان محمد شاكر ، كتاب الفنان ،محيي الدين حسين: مشوار إبداعي ، مجموعة رعاية النمر وعبد الغني أبو العينين (الفن الشعبي العربى) ، سيف وأدهم وانلي: الحركة والفن ، مختارات من أعمال آدم حنين ، مختارات من أعمال أحمد عبد الوهاب ، مختارات من أعمال حسن سليمان ، فاروق شحاتة: تجربة ممتدة، مختارات من فن الكاريكاتير ، محمد حسنين هيكل.. رحلة حياة، ناجي شاكر… شغف التجربة والاكتشاف، و4 قاعات للمعارض الفنية المؤقتة ، مع مركز للمؤتمرات يتسع لآلاف الأشخاص.
